南京市教科所官網，實現“三個轉變”，回歸研究本位，力求“三個貼近”，提升服務質量，南京市教科所結合南京教育實際，重點“三個打造”：
大力開展主動服務，由事務管理向專題研究轉變，深入課堂，在研究上有高度、有成果、南京市教科所官網有權威，實現三個轉變，為教育行政與基層實踐主動思考、出謀劃策；由數量擴張向質量提升轉變，既重視研究的數量，更關注研究的質量，努力糾正教科研中的浮夸之風，遏制教科研中的攀比之風，旗幟鮮明地反對假大空，倡導尋找真問題，開展真研究。強調教科所工作的研究性與學術性；由被動開展向主動服務轉變，深入學校，深入基層、南京市教科所官網，深入實際。
