南京市教科所在研究的過程中不斷發展。開展有效研究，尊重和探詢教育的本質規律；突出研究的前瞻性，突出四點核心價值：突出研究的本土價值；突出研究的有效性，圍繞有價值的本土性課題，成果易推廣；突出研究的科學性，回歸研究本位，能夠在全省乃至全國有引領作用。
為教育研究、教師發展、南京市教科所官網（www.njjks.cn）學校發展提供了一份扶持，打造出“素質教育南京范式”、“小班化教育”、“個人課題”、“區域提升學校課程品質”、“高中多樣化特色化發展”、“學校文化創意設計”等一系列在全國有較高知名度和影響力的教育教學改革項目。南京市教科所取得了一系列的成績，為南京教育發展貢獻了一份綿薄之力，創所近三十年來。
貼近局中心工作，力求三個貼近，服務在前；貼近基層學校教師，通過市區校三級聯動，匯聚多方力量，解決實際問題，南京市教科所官網促進學校與教師的提升，推動學生健康發展；貼近教育改革發展前沿，具有前瞻性，敢于大膽創新，具有科研品味、學術品質，具有國際視野，關注教育科研的風向與動態。發揮人才與信息優勢，主動貼近教育行政中心工作。
