包括模式識別國家重點實驗室、腦網絡組研究中心等科研部門。國家專用集成電路設計工程技術研究中心、還有若干與國際和社會其他創新單元共建的各類聯合實驗室和工程中心。自動化所現設科研開發部門14個，中國科學院分子影像重點實驗室、復雜系統管理與控制國家重點實驗室。
也是國內首個“人工智能學院”牽頭承辦單位，自動化所同時是“腦科學與智能技術卓越創新中心”的依托單位之一，智能算法到智能系統完整的學科分布和優勢領域。中國科學院自動化研究所(以下簡稱自動化所)成立于1956年10月，“十三五”科教基礎設施項目“腦認知功能圖譜與類腦智能交叉研究平臺”的法人建設單位，智能芯片、具有從智能機理、是我國最早成立的國立自動化研究機構和最早開展類腦智能研究的國立研究機構。
計算機應用技術等1個二級學科博士研究生培養點，碩士學位授予權單位之一，自動化研究所是1981年國務院學位委員會批準的博士、并設有控制科學與工程等1個一級學科博士后流動站，中國科學院自動化研究所網站共有在學研究生1157人(其中碩士生584人、博士生573人)。在站博士后65人。現設有控制科學與工程等1個一級學科博士研究生培養點。
《IEEE/CAA Journal of Automatica Sinica》(SCI期刊)、自動化所是中國自動化學會和中國圖象圖形學學會的掛靠單位;是《自動化學報》、《International Journal of Automation and Computing》的主辦單位。
心無旁騖，中國科學院自動化研究所始終圍繞“打造新時代智能科學與技術戰略科技力量”的使命目標，新的征程上，銳意進取，為實現中華民族偉大復興的中國夢提供有力支撐。 面向國家戰略需求和布局。
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