首都兒科研究所附屬兒童醫院為三級甲等醫院，屬于公立非營利性醫療機構，是集兒科基礎研究、臨床、高等教育、預防保健為一體的兒科醫學機構。北京協和醫學院聯合申報兒科學博士、碩士學位授權點；國務院學位辦批準的臨床醫學一級學科碩士學位授權點；北京大學醫學部博士、碩士培養點。
首都兒科研究所是新中國第一家兒科醫學研究所，前身是中國醫學科學院兒科研究所，成立于1958年。1983年歸屬北京市衛生局，正式更名為首都兒科研究所，1986年附屬兒童醫院正式成立。
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