中美海洋遙感及漁業信息研究中心、上海海洋大學官網，海洋藥物系統及神經科學研究所、海洋漁業遙感GIS技術實驗室、海洋藥物與健康食品研究所、下設數字海洋研究所、海洋政策與法律研究所，學校建有上海海洋大學海洋科學研究院，海洋文化研究中心等研究機構。建有外國語言研究所、中國魚文化研究所、鯨館、上海海洋大學官網·首頁水生生物科技館、校史館、三史館、大學生校園文化展示館，擁有國內外聞名的魚類研究室、標本室。擁有現代化的校園網絡，建有服務我國水產行業的中國水產網。學校圖書館現有紙質圖書約132萬余冊，電子圖書約88萬余冊，數據庫40余個，館藏資源突出學校的海洋、水產、食品特色。由學校承辦的《水產學報》、主辦的《上海海洋大學學報》被列為中文核心期刊、上海海洋大學官網，中國科技核心期刊和中國科技論文統計源期刊，《水產學報》獲 “百種中國杰出學術期刊”稱號。學校是上海市水產學會、上海市食品學會、上海市漁業經濟研究會和上海市延安精神研究會掛靠單位。海洋生態系統與環境實驗室、
文、管、法等多學科協調發展，培養具有國際視野的創新型復合人才，教學科研并重，國際化、開放型的高水平特色大學。 水產、理、經、把學校建設成為一所國際知名的海洋、農、食品等學科優勢明顯，工、新時期的學校辦學目標：到2020年。
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