復雜系統管理與控制國家重點實驗室、中國科學院自動化研究所官網，腦網絡組研究中心等科研部門。國家專用集成電路設計工程技術研究中心、包括模式識別國家重點實驗室、中國科學院分子影像重點實驗室、自動化所現設科研開發部門14個，還有若干與國際和社會其他創新單元共建的各類聯合實驗室和工程中心。
現設有控制科學與工程等1個一級學科博士研究生培養點，并設有控制科學與工程等1個一級學科博士后流動站，在站博士后65人。碩士學位授予權單位之一，博士生573人)。中國科學院自動化研究所官網·首頁計算機應用技術等1個二級學科博士研究生培養點，共有在學研究生1157人(其中碩士生584人、自動化研究所是1981年國務院學位委員會批準的博士、
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