2010年3月，浙江樹人大學成立了民辦高等教育研究所， 中國民辦高等教育研究院是在浙江省民辦高等教育研究所和浙江樹人大學民辦高等教育研究所的基礎上成立的。在浙江省工商行政管理局登記注冊，因浙江省高等教育學會民辦高等教育專業(yè)委員會的設置而成立了浙江省民辦高等教育研究所，為獨立研究中介機構。在在浙江省民辦高等教育研究所和浙江樹人大學民辦高等教育研究所的基礎上整合資源建立了中國民辦高等教育研究院。2001年12月，為適應民辦高等教育發(fā)展的需要，2000年9月8日。
是中國高等教育學會唯一的中國民辦高等教育研究基地，是中國高等教育學會民辦高等教育研究協作組組長單位和全國優(yōu)質民辦高校211協作會聯絡處。民辦高校院校改革與發(fā)展研究所、正在籌建的有民辦高校財政與經費研究所和中外私立高等教育比較研究所。中國民辦高等教育研究院以浙江省重點學科（A）高等教育學學科為依托，目前，研究院建有民辦高等教育政策與管理研究所、民辦高校立法與法制化建設研究所和高等教育科學計量學研究所等四個研究所。
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