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截至2017年5月，南方科技大學設置了14個院系，開設了22個專業。
| 院系 | 專業 |
| 南方科技大學數學系 | 金融數 學數學與應用數學 統計學 |
| 南方科技大學物理系 | 物理 學應用物理學 |
| 南方科技大學化學系 | 化學 |
| 南方科技大學生物系 | 生物信息 生物技術 生物科學 |
| 南方科技大學電子與電氣工程系 | 通信工程 微電子科學與工程 光電信息科學與工程 信息工程 |
| 南方科技大學材料科學與工程系 | 材料科學與工程 |
| 南方科技大學金融數學與金融工程系 | 金融學 金融工程 |
| 南方科技大學環境科學與工程學院 | 環境科學與工程 水文與水資源工程 |
| 南方科技大學海洋科學與工程系 | 無 |
| 南方科技大學力學與航天航空工程系 | 理論與應用力學 |
| 南方科技大學機械與能源工程系 | 機械工程 |
| 南方科技大學計算機科學與工程系 | 計算機科學與技術 |
| 南方科技大學生物醫學工程系 | 生物醫學工程 |
| 南方科技大學地球與空間科學系 | 無 |
截至2018年5月，南方科技大學已簽約引進教師約300人，其中90%以上擁有海外工作經驗，60%以上具有在世界排名前100名大學工作或學習的經歷。其中包括院士23人，萬人計劃入選者6人、教育部“長江學者”17人、“國家自然科學基金杰出青年基金”獲得者15人、“國家優秀青年科學基金”獲得者5人。
| 姓名 | 職稱 | 類別 | 院系 |
| 陳十一 | 中國科學院院士 | 講座教授、校長 | 力學與航空航天工程系 |
| 劉科 | 澳大利亞院士 | 講座教授 | 化學系 |
| 唐叔賢 | 中國科學院院士 第三世界科學院院士 | 長期杰出訪問教授 | 物理系 |
| 楊煥明 | 中國科學院院士 | 長期杰出訪問教授 | 生物系 |
| 支志明 | 中國科學院院士 | 長期杰出訪問教授 | 化學系 |
| 陳和生 | 中國科學院院士 | 長期杰出訪問教授 | 物理系 |
| 俞大鵬 | 中國科學院院士 | 講座教授 | 物理系 |
| 陳曉非 | 中國科學院院士 | 講座教授 | 地球及空間科學系 |
| Dinshaw J Patel | 美國人文與科學院院士 | 講座教授 | 生物系 |
| 倪晉仁 | 中國科學院院士 | 長期訪問杰出教授 | 環境科學與工程學院 |
| 鄧興旺 | 美國科學院院士 | 長期訪問杰出教授 | 生物系 |
| 王世全 | 歐洲科學院院士 | 長期訪問杰出教授 | 數學系 |
| 姚建銓 | 中國科學院院士 | 長期訪問杰出教授 | 工學院 |
| 徐政和 | 加拿大工程院院士 | 講座教授 | 材料科學與工程系 |
| 姓名 | 職稱 | 院系 |
| 霍劍青 | 教授 | 物理系 |
| 姓名 | 職務 | 院系 | 入選時間 | 入選類型 |
| 陳十一 | 講座教授 | 力學與航空航天工程系 | 1998年 | 長江特聘教授 |
| 陳永順 | 講座教授 | 海洋科學與工程系 | 2001年 | 長江特聘教授 |
| 湯濤 | 講座教授 | 數學系 | 長江講座教授 | |
| 夏志宏 | 講座教授 | 數學系 | 2001年 | 長江講座教授 |
| 張緒穆 | 講座教授 | 化學系 | 2005年 | 長江講座教授 |
| 吳傳躍 | 講座教授 | 生物系 | 2006年 | 長江講座教授 |
| 何佳 | 講座教授 | 金融數學與金融工程系 | 2008年 | 長江講座教授 |
| 湯濤 | 講座教授 | 數學系 | 2006年 | 長江講座教授 |
| 郭紅衛 | 講座教授 | 生物系 | 2006年 | 長江特聘教授 |
| 俞大鵬 | 講座教授 | 物理系 | 2005年 | 長江特聘教授 |
| 程濤 | 講座教授 | 醫學院（籌） | 2007年 | 長江特聘教授 |
| 陳曉非 | 講座教授 | 地球及空間科學系 | 2000年 | 長江特聘教授 |
| 姚新 | 講座教授 | 計算機系 | 2005年 | 長江講座教授 |
| 姓名 | 職位 | 所在院系 | 入選時間 |
| 張緒穆 | 講座教授 | 化學系 | 2000年 |
| 陳永順 | 講座教授 | 海洋科學與工程系 | 2002年 |
| 湯濤 | 講座教授 | 數學系 | 2008年 |
| 李海龍 | 教授 | 環境科學與工程學院 | 2010年 |
| 夏志宏 | 講座教授 | 數學系 | 1998年 |
| 郭紅衛 | 講座教授 | 生物系 | 2006年 |
| 程濤 | 講座教授 | 醫學院（籌） | 2008年 |
| 劉俊國 | 教授 | 環境科學與工程學院 | 2016年 |
| 陳曉非 | 講座教授 | 地球及空間科學系 | 1996年 |
| 鄭春苗 | 講座教授 | 環境科學與工程學院 | 2006年 |
| 劉青松 | 教授 | 環境科學與工程學院 | 2011年 |
| 姚新 | 講座教授 | 計算機系 | 2006年 |
| 倪普仁 | 長期訪問杰出教授 | 環境科學與工程學院 | 1996年 |
| 宋學軍 | 教授 | 醫學院 |
| 姓名 | 職位 | 所在院系 | 入選時間 |
| 李闖創 | 副教授 | 化學系 | 2015年 |
| 吳長鋒 | 教授 | 生物醫學工程系 | 2012年 |
| 張國慶 | 副教授 | 材料科學與工程系 | 2016年 |
| 張作泰 | 副教授 | 環境科學與工程學院 | 2015年 |
| 鄭一 | 副教授 | 環境科學與工程學院 | 2016年 |
| 姓名 | 人才類型 | 所在院系 |
| 李鳳亮 | 國家百千萬人才工程*人選 | 人文中心 |
| 張健 | 國家百千萬人才工程*人選 | 醫學院 |
| 李闖創 | 中組部中青年科技創新領軍人才 | 化學系 |
| 劉青松 | 中組部中青年科技創新領軍人才 | 環境科學與工程學院 |
| 劉俊國 | 青年拔尖人才 | 環境科學與工程學院 |
| 姓名 | 職稱 | 所在院系 | 入選時間 |
| 陳躍紅 | 講座教授 | 人文中心 | 2015年 |
| 程濤 | 講座教授 | 醫學院（籌） | 2013年 |
| 胡清 | 教授 | 環境科學與工程學院 | 2013年 |
| 李鳳亮 | 教授 | 人文中心 | 2016年 |
| 梁建生 | 教授 | 生物系 | 2013年 |
| 張健 | 教授 | 醫學院 | 2014年 |
| 姓名 | 職位 | 所在院系 | 入選時間 |
| 陳永龍 | 副教授 | 生物系 | 2009年 |
| 汪濤 | 副教授 | 生物系 | 2003年 |
| 劉青松 | 教授 | 海洋科學與工程學院 | 2007年 |
| 梁建生 | 教授 | 生物系 | 2012年 |
在本科教學方面，學校堅持“拓寬（專業）口徑、強化（學科）基礎、鼓勵（學科）交叉、多次選擇（專業）”的原則，讓學生掌握學術領域的研究方法和思想體系，具有合理的知識和能力結構；為學生接觸學科（領域）前沿研究成果及參與某學科領域前沿研究搭建平臺。本科人才培養采取“2+2”培養模式，即大學*、二學年不分專業，實行通修通識教學，強化學科基礎和人文知識，大學第三年學生可根據自身的特長和發展要求選擇主修專業。
南方科技大學以學分制、導師制、書院制為基礎，以人才培養的個性化、小班化、國際化為特色，通過人才培養體系，培養人格健全、基礎扎實、能力突出、具有國際視野、社會責任感、創新精神和實踐能力的高素質人才。
2007年3月，在深圳市第四屆人民代表大會第三次會議上，《政府工作報告》中決定籌建南方科技大學。
2007年4月，深圳市政府組建南方科技大學籌建工作辦公室，開展籌建前期工作。
2007年6月，深圳市政府首次向廣東省 提交籌建南方科技大學申請。
2008年3月，深圳市機構編制委員會下發《關于成立南方科技大學籌備辦的通知》，籌備辦負責學校批準設立和招生辦學前的各項籌備工作。
2008年7月，深圳市成立南方科技大學（籌）創校校長遴選委員會和校長招聘工作小組。
2009年6月，深圳市委常委會議同意聘任朱清時院士為南方科技大學（籌）創校校長。
2010年1月，南方科技大學全面接收原南開大學深圳金融工程學院作為啟動校區。
2010年9月，南方科技大學校園建設項目首期工程正式破土動工。
2010年12月，教育部向廣東省人民政府下發《教育部關于同意籌建南方科技大學的通知》，同意籌建南方科技大學，學校代碼為14325，籌建期為三年。
2011年2月，南方科技大學正式開學，首屆45名教改實驗班的學生入校就讀。
2011年3月20日，“南方科技大學春季開學典禮”在深圳南方科技大學本校舉行，首批自主招生的45名學生及學生家長、有關領導以及特別邀請的專家學者200余人出席了典禮儀式。
2011年9月，南方科技大學致仁書院舉行揭牌儀式。
2011年12月，南方科技大學教育基金會*屆理事會*次會議成功召開，標志著南方科技大學教育基金會正式成立。
2012年2月，南方科技大學首屆顧問委員會成立，由楊祖佑、何志明、戴聿昌、陳剛、張翔五位*學術權威擔任委員。
2012年4月，教育部同意建立南方科技大學，并在《關于同意建立南方科技大學的通知》中明確要求南方科技大學“不斷探索具有中國特色的現代大學制度，探索創新人才的培養模式”。
2012年5月，《教育部辦公廳關于南方科技大學2012年本科招生試點方案的批復》正式下達，同意南方科技大學按照“6+3+1”模式進行招生。
2012年7月，南方科技大學從全國8個省共錄取新生188人，新生高考平均成績超出一本分數線69.475分，已經達到985高校的中上游水平。
2015年9月14日，廣東省教育廳與深圳市政府在廣州簽署《共建南方科技大學協議》，南科大成為首批廣東省高水平理工科大學共建院校，深圳市將南科大建設高水平理工科大學作為深圳市委市政府的重點工作，支持南科大高層次人才引進，建設研究生聯合培養基地等。
2013年7月，南方科技大學開始遷入新校區。
2013年9月，南方科技大學樹仁書院成立。
2013年10月，南方科技大學舉行黨員干部大會，正式成立中國共產黨南方科技大學委員會和南方科技大學紀律檢查委員會，撤銷中國共產黨南方科技大學（籌）臨時委員會。
2014年1月，南方科技大學與正威國際集團簽署戰略合作協議，獲500萬元捐款、1億元技術產業投資基金。
2014年1月，李銘同志出任中共南方科技大學黨委委員、書記。
2014年6月，深圳市政府與聯合國教科文組織簽署合作諒解備忘錄，將在深圳設立教科文組織的二類教育中心，二類教育中心將設在南科大。
2014年7月，8所在深高校在南方科技大學舉行簽字儀式，聯合倡議發起成立“深圳國際友好城市大學聯盟”。
2014年11月，“深圳國際友好城市大學聯盟”在五洲賓館召開成立大會，首批來自13個國家的28所高校加盟，發表共同宣言，努力成為世界高等教育合作與交流典范。
2015年1月，南方科技大學團委成立。
2015年1月，中國科學院院士、北京大學原副校長陳十一出任南方科技大學第二任校長。
2015年5月，深圳與聯合國教科文組織簽署信托基金協議，擬依托南科大設立高教創新中心。
2015年9月，廣東省政府在廣州舉行廣東省高水平理工科大學共建協議簽署儀式，標志著南科大正式進入廣東省高水平（理工科）大學建設行列。
2016年，南科大與香港大學、香港科技大學、新加坡國立大學、美國天普大學、哈爾濱工業大學等著名高校聯合培養的277名研究生入學。
2016年6月，南方科技大學成立生物醫學工程系。
2016年7月，南方科技大學2016年畢業典禮暨學位授予儀式舉行。
2016年7月，南方科技大學與約翰·霍普金斯大學簽訂合作協議，共同籌備南方科技大學醫學院； 南方科技大學航空航天學院落戶臺州無人機航空小鎮。
2016年7月，南方科技大學2016年自主招生錄取工作順利結束，共錄取新生994人，并首次招錄7名國際學生，在建校歷史上實現了國際生源零的突破。
2016年8月，南方科技大學成立計算機科學與工程系。
2016年9月，南方科技大學舉行2016年開學典禮。在校生已達到3228人，其中本科生2927人，留學生7人，碩士研究生164人，博士研究生130人。到2020年，學校將有在校生8000人，其中本科生4000人，研究生4000人。未來將每年招收1000名本科生、1000名研究生，穩定保持在校生將近1萬人規模。前兩屆畢業生中超過60%被世界名校錄取，絕大多數進入博士專業學習。
2016年10月，南方科技大學與諾貝爾化學獎得主羅伯特·格拉布斯（Robert H. Grubbs）合作建立的深圳格拉布斯研究院揭牌。
2016年10月，李鳳亮出任南方科技大學黨委副書記。
2016年11月，聯合國教科文組織總干事伊琳娜·博科娃女士來校考察，充分肯定高等教育創新中心建設工作。
2016年12月，南方科技大學設立地球空間與科學系。
2017年6月，廣東省學位委員會公布了2017年博士碩士學位授予立項建設單位名單，南方科技大學入選。
2017年7月4日，南方科技大學黨委書記郭雨蓉宣布將在全國*一個特別合作區——深汕特別合作區設立南方科技大學海洋學院和南方科技大學教授工作室。
2018年2月22日，南方科技大學與中國科學技術大學簽署戰略合作框架協議，推進雙方全面戰略合作。
2018年5月，南方科技大學獲批博士學位授予單位，成為國內最快獲得博士授權單位的高校。
2018年6月1日，南方科技大學與香港科技大學簽訂合作框架協議，共建的“深港微電子學院（籌）”揭牌。
2018年11月，入選廣東省新一輪高水平大學建設計劃中的“高水平大學重點建設高校”。
校徽：核心部分是一把火炬，象征南方科技大學的使命：為高等教育改革探索出一條新路。校徽背景為漸變的天青色，映襯火炬的照亮效果；此處的天青背景取自汝窯瓷釉，是中國傳統審美文化崇尚的色彩。
校名：“南方科技大學”六個字的書法由諾貝爾獎得主李政道書寫。
校名縮寫：SUSTech，字首SUST與sustainability一致，符合可持續發展的理念，此組合SUSTech亦直接對應南方科技大學英文校名（Southern University of Science and Technology）。
截至2015年，南方科技大學共計發表學術論文共計823篇（期刊論文643篇、會議論文158篇、學術論著22本）；獲得省部級科技獎勵2項。其中2015年發表學術論文393篇（期刊論文301篇、會議論文78篇、學術論著14本），獲得省部級科技獎勵1項。
其中王懷清教授榮獲2012年度上海市自然科學獎二等獎，這是南方科技大學*省部級科技獎勵論著方面，生物系魏志毅副教授2014年在《自然》期刊發表論文《大腸桿菌中RNA指導的免疫監視復合物Cascade的晶體結構》，是南方科技大學在《自然》雜志上發表的*篇論文；郭旭崗、王冠宇、黃巍、陳意釩4名教師分別出版了學術專著；陳意釩教授作為主要撰寫人之一主導制定IEEE國際標準1906.1“納米尺度與分子通信體系架構”。
知識產權方面，自2012年以來，南方科技大學共申報專利156項；授權專利16項。其中，2013年9月3日，何祝兵副教授申報的實用新型專利“一種PECVD鍍膜系統（專利號201320237404.3）”獲得授權，2015年2月18日，盧周廣教授申報的“一種用電解錳陽極渣制備金屬摻雜的二氧化錳粉體的方法及應用”獲得授權。
《自然》增刊“自然指數2016新星榜”發布，在全球100家高質量科研論文增長最顯著的國家和機構中，南科大排名全球第62位，增速居全球第3位。
2012年創校以來，截至2017年底，南方科技大學先后承擔國家、廣東省、深圳市三級科技計劃項目717項，獲得經費資助共計11.97億元。累計發表學術論文3006篇、學術論著33部，在《Science》、《Nature》等國際高水平權威刊物上發表論文10余篇，授權專利40余項。獲得*科技獎勵2個，省部級科技獎勵2個，深圳市科技獎勵4個。湯濤教授主持的項目“自適應與高精度數值方法及其理論分析”榮獲2016年度國家自然科學獎二等獎；胡清教授的“流域水環境重金屬污染風險防控理論技術與應用”項目榮獲2017年度國家科學技術進步獎二等獎；電子與電氣工程系助理教授王愷作為主要完成人之一的項目“多界面光-熱耦合白光LED封裝優化技術”榮獲2016年度國家技術發明獎二等獎；物理系教授何佳清獲2017年度教育部自然科學二等獎；環境科學與工程學院劉俊國教授獲2017年度教育部青年科學獎；電子與電氣工程系教授陳意釩、材料科學與工程系副教授程春、電子與電氣工程系助理教授陳樹明分別榮獲2015、2016、2017年深圳市青年科技獎；物理系教授何佳清獲2017年度深圳市自然科學獎二等獎。 2016年，愛思唯爾發布中國高被引學者榜單，陳十一校長在物理和天文領域位列第2位，俞大鵬院士位列第3位，化學系張緒穆教授在化學領域位列第13位。
2017年，南科大自然指數加權論文值在中國大學自然指數排行榜中排名第28位，2016年7月出版的《自然》雜志“自然指數2016新星榜”增刊顯示，在全球100家高質量科研論文增長最顯著的國家和機構中，南科大排名全球第62位，增速位居全球第3位。
科研平臺研究中心
截至2015年，南方科技大學已建成四個研究中心和一個公共實驗室；建成校分析測試中心；獲批六個深圳市重點實驗室和一個工程實驗室。
| 1 | 微納尺度科學和工程研究中心 | 電子信息、物理 | 建成 |
| 2 | 材料性質調控及應用研究中心 | 新材料 | 建成 |
| 3 | 先進電子與信息技術研究中心 | 電子信息、互聯網 | 待建 |
| 4 | 機器人與人工智能研究中心 | 電子信息、先進制造、智能工程 | 待建 |
| 5 | 先進制造研究中心 | 先進制造、機械工程 | 待建 |
| 6 | 海洋研究院 | 海洋科學與工程 | 待建 |
| 7 | 航空航天研究院 | 大飛機、發動機、飛行器設計 | 待建 |
| 8 | 環境與資源綜合利用研究中心 | 節能與環保、資源 | 待建 |
| 9 | 新能源研究中心 | 新能源 | 待建 |
| 10 | 未來城市研究中心 | 節能、新能源、信息、大城市 | 待建 |
| 11 | 工業設計與藝術創意中心 | 產品設計、文化創意 | 待建 |
| 12 | 生命科學研究中心 | 生物與新醫藥 | 建成 |
| 13 | 生物醫藥與工程研究中心 | 生物、材料、醫療器械 | 待建 |
| 14 | 神經與認知科學研究中心 | 腦科學與工程、心理 | 待建 |
| 15 | 健康與公共衛生研究院 | 公共衛生 | 待建 |
| 16 | 動物中心 | 生物 | 待建 |
| 17 | 大數據與大規模計算中心 | 醫療、航空航天、電子、信息等 | 待建 |
| 18 | 功能分子工程研究中心 | 新藥、分子工程 | 待建 |
| 19 | 皮米尺度上的基礎和應用研究中心 | 基礎物理、新材料、電子信息 | 建成 |
| 20 | 軟物質研究中心 | 新材料，物理學 | 待建 |
| 21 | 金融創新研究中心 | 金融 | 待建 |
| 22 | 營養與衰老研究中心 | 生命健康 | 待建 |
| 23 | 中子科學中心 | 物理、材料、電子、化學、生物 | 待建 |
| 24 | 先進光子學研究中心 | 光學、材料、電子 | 待建 |
實驗室
| 重點實驗室 | |
| 深圳市有機半導體印刷材料與器件重點實驗室 | 深圳市土壤與地下水污染防治重點實驗室 |
| 深圳市熱電材料重點實驗室 | 深圳第三代半導體器件重點實驗室 |
| 深圳納米壓印技術重點實驗室 | 深圳細胞微環境重點實驗室 |
| 深圳市氫能重點實驗室 | 深圳市全光譜發電材料重點實驗室 |
| 城市固體廢棄物資源化技術和管理重點實驗室 | 深圳市電力直驅技術重點實驗室 |
| 工程實驗室 | |
| 深圳電磁無創醫學檢測工程實驗室 | 深圳航空發動機3D打印粉材工程實驗室 |
| 深圳海底地震儀設備與技術工程實驗室 | |
學術資源
截止2016年12月底，南方科技大學館藏中外文紙質圖書總量達到209822冊（中文165842冊，外文43980冊）、中文報刊79種、外文報刊44種。電子資源建設是圖書館館藏發展的重點，有各類中外文數據庫100個，包含電子圖書433264冊、電子期刊57811種，涵蓋了學校教學科研和通識教育所需要的各方面文獻信息資源。同時，借助 “深圳文獻港”服務平臺，南科大師生可以利用深圳大學城、深圳大學、深圳職業技術學院、香港中文大學（深圳）等高校圖書館以及深圳市圖書館的數百萬冊藏書和多種文獻資源，實現文獻信息資源共享。
| 職務 | 姓名 | ||
| 黨委書記 | 郭雨蓉 | ||
| 校長 | 陳十一 | ||
| 黨委副書記、紀委書記 | 李鳳亮 | ||
| 副校長、教務長 | 吳傳躍 | ||
| 副校長、研究生院院長 | 湯濤 | ||
| 黨委委員、秘書長、工會主席、黨政辦公室主任 | 王永杰 | ||
| 副校長 | 王茤祥 | ||
| 總會計師 | 葉秦 | ||
| 協理副校長、書院總監 | 韓蔚 | ||
| 總務長 | 魯春 | ||
| 姓名 | 任期 | 備注 |
| 朱清時 | 2009年9月2日至2014年9月1日 | 創校校長、中國科學院院士 |
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