研究院設有法醫病理學、法醫臨床學、法醫精神病學、法醫物證學、法醫毒物化學、微量物證學、文件鑒定學、聲像鑒定學、痕跡鑒定學、電子數據鑒定、道路交通事故技術鑒定、環境損害司法鑒定、司法鑒定制度與法規等專業。辦有中文核心期刊《中國司法鑒定》和《法醫學雜志》，英文期刊Forensic Sciences Research。
研究院是通過實驗室認可、檢查機構認可、能力驗證提供者認可以及國家級實驗室/檢查機構資質認定“五合一”評審的司法鑒定機構，在我國司法鑒定事業中發揮了重要的示范、引領和推動作用。在“以科學捍衛公正”核心價值理念引領下，分別確立了“嚴謹求是、科學規范、獨立客觀、準確公正”和“嚴謹求是、科學規范、客觀公正、專業高效”的質量方針，確保以公正的行為、規范的程序、科學的方法、正確的結論，為司法實踐和行業發展服務。研究院按照《檢驗檢測機構資質認定能力評價 檢驗檢測機構通用要求RB/T214-2017》《檢驗檢測機構資質認定能力評價 司法鑒定機構要求RB/T219-2017》以及《司法鑒定/法庭科學機構認可指南CNAS-CL08:2013》建立了司法鑒定管理體系。按照CNAS-CL03:2010《能力驗證提供者認可準則》（ISO/IEC17043:2010）建立了能力驗證管理體系。
享受國務院特殊津貼10人。儀器裝備已達到國際先進水平。司法鑒定科學研究院執行中央編辦、司法部賦予的承擔“司法鑒定領域的基礎研究、應用研究和高新技術研究；全國重大疑難案件的司法鑒定和技術指導；司法鑒定高端人才的培養培訓；國內外學術交流等工作”職能。目前有職工224人，其中黨員106人，專業技術人員占78%，高級專業技術人員占專業技術人員總數的60%。
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