校本部圖書館建于1996年，共五層，現使用一樓、二樓，建筑面積2000余平方米，設社科圖書閱覽室、自科圖書閱覽室、期刊閱覽室及電子閱覽區。經過60余年的發展和建設， 圖書館的信息資源不斷豐富，辦館條件不斷改善，現有兩處館舍。2017年南校區圖書館正式啟用，建筑面積2.5萬余平方米，閱覽座位2536席，采用“大流通”管理模式，整體為開放式布局，劃分為七大功能分區，分別為資源建設區、信息共享服務區、書刊借閱區、特藏閱覽區、讀者研討區、公共活動服務區以及教學研究區，提供“藏、借、閱、檢、管”一體化服務，初步構建了設備齊全、功能完善、布局合理、數字化程度較高的現代化智慧圖書館，成為東北地區藥學信息中心，也是我國藥學文獻的重要保障中心之一。沈陽藥科大學圖書館，沈陽藥科大學圖書館成立于上世紀50年代初期，前身是東北藥學院（沈陽藥科大學前身）圖書室。
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