1908年清政府在北京建立稅務學堂(后更名為稅務專門學校，1953年上海海關學校設立;1980年經國務院批準，教育部批準在上海海關高等專科學校的基礎上設立上海海關學院。2012年12月，學院被國務院學位委員會正式批準為“服務國家特殊需求人才培養項目”——學士學位授予單位開展培養碩士專業學位研究生試點工作單位。學院現設有海關管理系、經濟與工商管理系、法律系、外語系、基礎部等五個教學系。 升格為上海海關專科學校;1996年更名為上海海關高等專科學校。該學堂是世界上最早從事海關高等專業教育的學校之一。上海海關學院是經教育部批準設立的具有高等學歷教育招生資格的全日制普通高等學校，上海海關學院招生網中國海關高等教育已有百余年歷史，直屬于中華人民共和國海關總署。并遷址上海)，2007年3月，新中國成立后。
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