交通工程、輪機工程、人文藝術等7個系 ，據學校官網2014年9月信息顯示，船舶工程、機電、管理信息、學院設有航海、開設48個不同專業(方向)。
學院專任教師中具有高級專業技術職務人員比例達40%，“金錨獎”獲得者1名，專業教師雙師素質比例達93%。全國交通高職教育專業帶頭人7名，據學校官網2014年9月信息顯示，江蘇省“333高層次人才培養對象”、南通航運職業技術學院統一身份認證平臺網站擁有國家政府津貼獲得者2名，江蘇省高校教學名師等高層次人才近20名，具有碩士及以上學位人員比例達60%，江蘇省高校優秀教學團隊2個。 交通部吳福—振華交通教育獎勵基金優秀教師3名。
隸屬于江蘇省交通廳。坐落于風景秀麗的著名的教育之鄉——江蘇省南通市，學院創建于1960年，南通航運職業技術學院，是一所經江蘇省人民政府批準設置的全日制普通高等學校。
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