研究生到博士后，在校生總數為1.3萬多人，學校設有19個本科專業、從全日制到成人教育、留學生教育全方位、目前，多層次的教育體系。2個六年制雙學位專業和2個八年制專業(方向)。已形成從本科生。
有1個國家級人才培養模式創新試驗區。5個省級特色專業、3個省級品牌專業、13門省級精品課程，南京醫科大學網站主編6部國家“十二五”規劃教材。2個國家級雙語教學示范課程;建成2個國家級實驗教學示范中心、學校的招生和就業工作受到社會各界的好評，就業率始終保持在95%以上，多次被評為“江蘇省畢業生就業工作先進集體”。有5個國家級特色專業、19個中央和地方財政共建高校教學實驗室、9個省級實驗教學示范中心、學校現已建成5門國家級精品課程。
是臨床教學和研究中心。學校設有兩個校區(五臺校區和江寧校區)。占地120畝，五臺校區位于南京市鼓樓區五臺山南麓，江寧校區位于南京市江寧區大學城，南京醫科大學首頁 www.njmu.edu.cn 占地面積1300畝，是教學和科研中心。學校圖書館有紙質文獻107萬余冊、電子文獻150萬余種(不含學位論文)、中外文期刊6000余種，是江蘇省醫學圖書中心館和高校文獻保障系統醫學文獻中心。學校主辦有11種學術期刊。
學校與美國、近年來，積極與國內外的高等院校建立形式多樣的聯系與合作。學校廣泛開展對外交流活動，加拿大、澳大利亞、瑞典、日本、臺灣、南京醫科大學網站香港等國家和地區的醫學院校或科研機構建立了雙邊合作、學術交流關系。學校于2002年恢復招收留學生和港澳臺學生，現有在校留學生和港澳臺學生500多人。
開拓創新、進入“十二五”，凝心聚力，全校師生員工將認定新目標，銳意進取，積極推進實施“十二五”發展規劃，努力把學校建成一所國際知名、特色鮮明的高水平醫科大學，力爭在醫學人才培養、醫學科學研究、醫療衛生服務、文化傳承創新方面做出更大貢獻！
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