運動員教育教學管理部、運動健康科學系、學校教育教學設有體育系、足球學院、休閑體育系、研究生部、繼續教育部、民族體育與表演系、馬克思主義學院、運動系、附屬學校和奧林匹克學院（民辦機制）12個單位，14個本科專業，涉及教育學、文學、管理學、理學、藝術學5個學科門類，南京體育學院，現有各類在校生7032名；運動訓練設有網球學院（中國網球學院）、競技訓練學院、省少年業余體校3個單位，11支省優秀運動隊，現有專業運動員355名。
南京體育學院由南京體育學校、是江蘇省唯一一所獨立建制的體育高等學府和重要的省級競技體育訓練基地，被譽為“世界冠軍的搖籃”。是江蘇省體育局和江蘇省教育廳共管的省屬重點建設大學，始建于1956年，江蘇師范學院體育專修科和江蘇省體育干部培訓班合并而成。
五棵松（籌）、濱江四個校區。靈谷寺主校區位于南京市東郊紫金山南麓原民國中央體育場舊址，占地640余畝。南京體育學院，南京體育學院坐落于古都南京，擁有靈谷寺、仙林。
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