育種和良繁體系完整，其中育種中心4200㎡，育種團隊八人，核心育種田50畝，三圃田80畝，在147團建有600畝原原種良繁和中試基地。惠遠種業在北泉鎮農業園區征地210畝，投資過億元建有兩條棉種加工生產線，年加工能力1萬噸。
公司經營實行總經理負責制，設有綜合管理部、惠遠種子官網研發中心、良繁部、銷售服務部、種子加工廠、財務部等部門。公司由27名自然人股東和一個國有企業法人股東現金出資組成，股東大會為公司決策機構，設有董事會和監事會。新疆惠遠種業股份有限公司成立于2010年12月，是一家國有參股民營企業。
惠遠種業目前是育繁推一體化的棉種公司，公司的棉花研究所自育了新陸早28號、48號、59號、72號、惠遠720等5個棉花品種，與兵團農科院合作選育了新陸早40號、42號、45號、51號4個棉花品種，惠遠首頁http://huiyuanseed.com，其中：新陸早48號、新陸早51號和惠遠720為國審棉品種。
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