2006年，南海校區與華南師范大學用統一招生代碼招生。
大學城校區、華南師范大學第十三次黨代會明確把南海學院定位為學校三校區(石牌校區、2004年6月，廣東省政府、進行校區第一輪改革。廣東省教育廳在辦學性質上明確界定南海校區為公辦性質的學校。南海校區)之一進行建設，同年9月。
南海學院開始招收第二批本科層次的學生。2003年。
根據一校三區協調發展的總體布局，強化特色、國際合作、服務地方”的總體要求，在南海校區新組建四個本科學院，華師南海學院網站分別是國際商學院、城市文化學院、軟件學院和職業教育學院;同時，保留南海學院至2016年最后一屆專科學生畢業;本著“精簡、務實、高效”的原則，按照“學校職能部處直線指揮為主，校區屬地管理主要負責協調”的要求，重新設置南海校區的組織架構，設立南海校區管理委員會、成立綜合管理辦公室、人事管理辦公室、教學管理辦公室、華師南海學院官網 nh.scnu.edu.cn 學生工作辦公室、財務管理辦公室、科研管理辦公室、安防保衛辦公室、后勤管理辦公室等八個職能辦公室。按照“創新管理、學校正式啟動南海校區第二輪綜合改革。2013年4月12日。
文化產業管理、文秘、金融與證券、會計電算化、應用英語、電子商務、計算機網絡、數字媒體設計與制作、華師南海學院網站客戶服務管理等9個專科專業，從2014年起都停止招生。軟件工程和教育學(職教師資)等5個本科專業;還有法律事務、法語、南海校區現設有財務管理。
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