2013年自治州轄門源回族自治縣、海晏縣、祁連縣、剛察縣和青海湖農場，全州有11個鎮、19個鄉、214個村民委員會（77個牧業村民委員會）、13個社區。
州府駐地原在門源縣浩門鎮，1993年7月經國務院批準搬遷至海晏縣西海鎮（原國營221廠），海拔3100米，距西寧104公里。 海北藏族自治州位于青海省東北部，政區劃1953年12月31日，成立海北藏族自治區。1955年5月20日，改自治區為自治州。
海晏縣共有2個鎮、4個鄉、29個村民委員會、3個社區，各鄉鎮是西海鎮、三角城鎮；金灘鄉、青海湖鄉、哈勒景蒙古族鄉、甘子河鄉。
門源回族自治縣共有4個鎮、8個鄉、109個村民委員會、7個社區，各鄉鎮是浩門鎮、東川鎮、泉口鎮、青石嘴鎮；仙米鄉、珠固鄉、北山鄉、陰田鄉、麻蓮鄉、西灘鄉、蘇吉灘鄉、皇城蒙古族鄉。
剛察縣共有2個鎮、3個鄉、31個村民委員會、1個社區，各鄉鎮是沙柳河鎮、哈爾蓋鎮、伊克烏蘭鄉、吉爾孟鄉、泉吉鄉。
祁連縣共有3個鎮、4個鄉、45個村民委員會、2個社區，各鄉鎮是八寶鎮、峨堡鎮、默勒鎮；阿柔鄉、扎麻什鄉、野牛溝鄉、央隆鄉。
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