2013年自治州轄門源回族自治縣、海晏縣、祁連縣、剛察縣和青海湖農(nóng)場(chǎng)，全州有11個(gè)鎮(zhèn)、19個(gè)鄉(xiāng)、214個(gè)村民委員會(huì)（77個(gè)牧業(yè)村民委員會(huì)）、13個(gè)社區(qū)。
州府駐地原在門源縣浩門鎮(zhèn)，1993年7月經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)搬遷至海晏縣西海鎮(zhèn)（原國營(yíng)221廠），海拔3100米，距西寧104公里。 海北藏族自治州位于青海省東北部，政區(qū)劃1953年12月31日，成立海北藏族自治區(qū)。1955年5月20日，改自治區(qū)為自治州。
海晏縣共有2個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)鄉(xiāng)、29個(gè)村民委員會(huì)、3個(gè)社區(qū)，各鄉(xiāng)鎮(zhèn)是西海鎮(zhèn)、三角城鎮(zhèn)；金灘鄉(xiāng)、青海湖鄉(xiāng)、哈勒景蒙古族鄉(xiāng)、甘子河鄉(xiāng)。
門源回族自治縣共有4個(gè)鎮(zhèn)、8個(gè)鄉(xiāng)、109個(gè)村民委員會(huì)、7個(gè)社區(qū)，各鄉(xiāng)鎮(zhèn)是浩門鎮(zhèn)、東川鎮(zhèn)、泉口鎮(zhèn)、青石嘴鎮(zhèn)；仙米鄉(xiāng)、珠固鄉(xiāng)、北山鄉(xiāng)、陰田鄉(xiāng)、麻蓮鄉(xiāng)、西灘鄉(xiāng)、蘇吉灘鄉(xiāng)、皇城蒙古族鄉(xiāng)。
剛察縣共有2個(gè)鎮(zhèn)、3個(gè)鄉(xiāng)、31個(gè)村民委員會(huì)、1個(gè)社區(qū)，各鄉(xiāng)鎮(zhèn)是沙柳河鎮(zhèn)、哈爾蓋鎮(zhèn)、伊克烏蘭鄉(xiāng)、吉爾孟鄉(xiāng)、泉吉鄉(xiāng)。
祁連縣共有3個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)鄉(xiāng)、45個(gè)村民委員會(huì)、2個(gè)社區(qū)，各鄉(xiāng)鎮(zhèn)是八寶鎮(zhèn)、峨堡鎮(zhèn)、默勒鎮(zhèn)；阿柔鄉(xiāng)、扎麻什鄉(xiāng)、野牛溝鄉(xiāng)、央隆鄉(xiāng)。
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