國家自然科學基金委員會聚焦基礎、前沿、人才，注重創新團隊和學科交叉，為全面培育我國源頭創新能力作出了重要貢獻，成為我國支持基礎研究的主渠道。隨后，在小平同志的親切關懷下，國務院于1986年2月14日正式批準成立國家自然科學基金委員會（簡稱自然科學基金委，英文名稱為National Natural Science Foundation of China，縮寫為NSFC）。2018年，根據《深化黨和國家機構改革方案》，自然科學基金委由國務院直屬事業單位改由科學技術部管理，依法管理國家自然科學基金，相對獨立運行，負責資助計劃、項目設置和評審、立項、監督等組織實施工作。20世紀80年代初，中國科學院89位院士(學部委員)致函黨中央、國務院，建議借鑒國際成功經驗，設立面向全國的自然科學基金，得到黨中央、國務院的首肯。
國家對基礎研究高度重視并寄予厚望，基礎研究迎來了難得的歷史機遇和前所未有的巨大挑戰。當前，新一輪科技革命蓬勃興起，科研范式和組織模式深刻變革，交叉融合成為科學技術發展潮流，應對全球性挑戰和滿足國家重大需求對源頭創新的需求更加迫切。 黨的十九大明確了建設科技強國的奮斗目標，確定了新時代基礎研究發展的新任務新要求。
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