臨床與基礎試題開發處、中心現內設機構9個：黨政辦公室（紀檢監察室）、全科與醫技試題開發處、國家醫學考試中心是國內最早建立的全國性專業考試機構之一，財務資產處、公衛與藥學試題開發處、信息技術處。口腔與護理試題開發處、研究評價處、是經中央編辦批準成立的國家衛生健康委員會直屬事業單位。國家醫學考試網，考務管理處。
由國家醫學考試中心主辦。國家醫學考試網官網提供考生報名/繳費/準考證/成績單等考生服務、成立于1985年，資格審查/考場編排/信息管理等考務管理服務和考試用書指導等。國家醫學考試網是國家衛生部直屬衛生行業各類全國性考試的技術服務專門機構。
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