目前公司列車運行圖上每日開行旅客列車233.5對，其中廣深城際高速列車105對（含備用線19對），直通車13對，長途旅客列車115.5對。客運業務是公司主要的運輸業務。公司致力于推動高速旅客列車發展計劃，廣深間旅客運輸主要由時速200公里的新型國產“和諧號”電動車組擔當，在客流高峰期平均每10分鐘就有1對“和諧號”高速列車開行，初步實現了城際鐵路“公交化”運營。
今后，廣深鐵路，隨著“泛珠三角”地區一系列高速鐵路和城際鐵路的陸續建成并投入運營，公司提供鐵路運營服務的區域范圍將更加廣泛，鐵路運營服務亦將成為公司未來一個新的業務增長點。截止目前，公司已經為武廣鐵路、廣珠城際、廣深港鐵路、廣珠鐵路、廈深鐵路及贛韶鐵路等提供該項服務。鐵路運營業務是公司自2009年12月武廣鐵路開通運營以來開拓的一項客貨運輸延伸業務。廣深鐵路公司。
其中廣坪段為中國鐵路南北大動脈——京廣線南段；廣深段是中國內陸通往香港的鐵路通道，連接京廣、京九、三茂、平南、平鹽和香港九廣鐵路，是中國鐵路交通網絡的重要組成部分。公司獨立經營的深圳—廣州—坪石段鐵路，營業里程481.2公里，縱向貫通廣東省全境。廣深段鐵路是目前中國現代化程度較高的鐵路之一，是國內全程封閉、四線并行的鐵路，也是一條實現客貨分線運行的鐵路。
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