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49個碩士學位授權一級學科點，教育學、經濟學、文學、東南大學研究生院擁有33個博士學位授權一級學科點，工學、法學、醫學、覆蓋了13個學科門類中的哲學、管理學、藝術學等10個門類。東南大學研究生院，截至2018年11月， 已授予博士學位7445名，碩士學位58946名。理學。
博士學位授予權的高校之一。東南大學黨委研究生工作部，東南大學自1952年開始招收研究生，是首批獲學士、碩士、現有博士研究生指導教師925人，碩士研究生指導教師2151人，兩院院士12人。
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