醫療保險科、人事科、莞市社會保障局是市人民政府主管社會保障行政事務的正處級職能部門，養老保險科、法制科、失業保險科、退休人員社會化管理服務科、社會保險政策研究室、工傷保險科、內設13個職能科(室)：辦公室、市勞動能力鑒定委員會辦公室、信訪科、東莞市社會保障局網站基金監督科、監察支隊。另設紀委派駐機構紀檢組(監察室)。 社會保險基金管理中心系社會保障局的直屬機構，為副處級事業單位，內設11個職能科：養老失業待遇核發科、醫療工傷待遇核發科、保險關系科、社區及定點醫藥機構管理科、基層管理科、計劃財務科、信息科、稽核科、東莞市社會保障局首頁 dgsi.dg.gov.cn 宣傳與咨詢服務科、檔案管理科、社保卡管理科。
黨(團)務工作由鎮(街)負責管理。副主任。副局長分別兼社會保險基金管理中心主任、社會保障分局局長、為兩塊牌子、全稱分別為“東莞市社會保障局XX分局”和“東莞市XX社會保險基金管理中心”，以社會保障局管理為主，其中，當前東莞市委、市政府大力推進擴權強鎮，擬逐步把眾多市直部門在鎮街的派出機構，人財物劃轉鎮街管理，東莞市社會保障局網站根據《關于印發<東莞市人事局擴權強鎮試點工作實施方案>的通知》(東人發[2009]54號)，石龍鎮、塘廈鎮作為試點鎮，社保分局(含社保基金管理中心)以鎮管理為主，社會保障局保留對分局的業務垂直管理關系。 實行市鎮雙重管理，在各鎮(街)設立社會保障分局和社會保險基金管理中心，兩套人員的合署辦事機構。
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