信貸管理處、貸款審核處、信息管理處九個處室，以及鐵路分中心、30個遠郊區縣分中心和5個主城內辦事處。審計稽核處、與重慶市住房資金管理中心實行一套班子兩個牌子的管理模式，綜合計劃處、是隸屬于市國土房管局的自收自支事業單位。機構規格為副局級，人事教育處、重慶住房公積金管理中心于2002年10月經重慶市人民政府批準成立，財務管理處、公積金中心設有辦公室、政策法規處。
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