開放病床860張，設有37個臨床和基礎科室，北京同仁醫院副教授以上及相應職稱者241人。日門、急診量3500—5000人次,年均住院病人約1.5萬人次。全院現有職工2064人。
研究生100余人；北京護校分校1996年至2000年培養中專畢業生278人。近十年共獲科研成果獎318項（其中國家級2項、衛生部級9項、北京市級112項）；《內窺鏡鼻竇外科的基礎與臨床研究》、《視網膜移植術》和《糖尿病微血管并發癥防治的基礎養醫療專業本科生523人，醫院科研教學工作成績顯著。
附設北京同仁眼庫(國際眼庫協會成員)，醫院兼有北京市眼科研究所 (世界衛生組織防盲合作中心、北京同仁醫院官網（www.trhos.com）博士后流動站)和北京市耳鼻咽喉科研究所(博士后流動站)，設有北京市眼耳鼻咽喉科疾病研究中心和北京市糖尿病防治辦公室。
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