附設北京同仁眼庫(國際眼庫協會成員)，設有北京市眼耳鼻咽喉科疾病研究中心和北京市糖尿病防治辦公室。北京同仁醫院官網，醫院兼有北京市眼科研究所 (世界衛生組織防盲合作中心、博士后流動站)和北京市耳鼻咽喉科研究所(博士后流動站)。
還建立了國際眼病診療中心、白內障防治中心、屈光矯治中心、驗光配鏡及隱形眼鏡中心、鼻眼相關疾病診療中心、睡眠呼吸監測中心、臨床聽力學中心以及人工耳蝸植入中心等全方位醫療服務體系。醫院設有薈萃首都知名專家的北京市眼科會診中心、北京市耳鼻咽喉科會診中心、北京同仁醫院官網·首頁北京市糖尿病綜合會診中心、北京泌尿外科會診中心。
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