1996年醫院掛牌全國專科疾病北京中醫藥治療中心，2011年啟動了博士后工作流動站工作。1994年，遵循國家中醫藥發展戰略，醫院與北京中醫藥大學實現合作，成為北京中醫藥大學附屬中西醫結合醫院。2016年醫院成為國家中醫藥管理局第三批重點中西醫結合醫院，m2016年11月，通過三級中西醫結合醫院等級評審，實現了醫院跨越式發展。1989年納入全國第一批中西醫結合醫院，獲批更名為北京市中西醫結合醫院。 北京中西醫結合醫院始建于1952年，地處長安街沿線，西四環外200米，位于北京市海淀區永定路東街3號，原名北京市第二療養院;1956年遷至現址，1959年7月改名為北京市永定路醫院。
建設中的綜合樓建筑面積4.3萬m2，編制人員1200人，編制床位600張。北京中醫藥大學附屬中西醫結合醫院總占地面積28畝，建筑面積3.3萬m2。醫院開放床位402張，現日均門急診量2200余人次,年門診量55萬余人次，年出院病人6000余人次。目前正在進行改擴建，暫分南北兩院區運營。
經過60多年砥礪前行，北京中西醫結合醫院發展成為一所集醫療、教學、科研、康復為一體，以中西醫結合為特色的中西醫結合醫院。醫院擁有重點專科腎內科;北京市級重點專科腦病科、護理專科，市重點學科心內科，北京基層中醫藥學科團隊基地針灸科;海淀區重點專科針灸科、重點學科腎內科、腦病科、針灸科、口腔科、品牌科室腦病科。
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