機關紀委和工會；內設11個處室，北京住房公積金管理中心設置3個分中心：中共中央直屬機關分中心、垂直管理20個分支機構（18個管理部和住房公積金貸款中心、北京市住房貸款擔保中心。結算中心）；北京鐵路分中心；下設2個所屬事業單位：北京住房公積金客戶服務中心、中央國家機關分中心、機關黨委（黨建工作處）。
北京住房公積金管理中心為市政府直屬不以營利為目的的獨立副局級事業單位。北京住房公積金網，北京公積金管理中心于2002年10月10日重組成立，同時保留北京市住房資金管理中心的牌子。北京住房公積金管理中心官方網站。
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