第一層介紹澳門地區文明的原始；第二層展示澳門民間藝術與傳統；中國澳門博物館官網，第三層介紹了澳門當代特色。其中首兩層位于炮臺地面之下，保存澳門幾個世紀以來東西方的文化交匯、和諧共存的多種面貌。行政大樓設有行政及技術人員辦公室、博物館藏品倉庫、修室、工場、電腦部，保安中心及演講廳等等。中國澳門博物館官網·首頁博物館共分三層，博物館行政大樓設有電動扶梯的隧道與博物館展廳相連。建館工程包括博物館展覽大樓和行政大樓兩部分。澳門博物館于1998年4月18日建成啟用，第三層側在炮臺上。
