醫院始建于1964年10月，鳥巢，北京冶金醫院，醫院位于北京亞奧核心區域，元大都城垣遺址公園。北京城建醫院、歷經中國人民解放軍基建工程兵北京指揮部醫院、成立北京中醫藥大學第三附屬醫院。毗鄰奧林匹克公園、2006年9月劃轉至北京中醫藥大學。
有30個臨床科室，副高職稱專家72名，4個門診部，具有博士學位人員72名，醫院編制床位520張，中醫藥大學第三附屬醫院網站醫院有北京中醫藥大學經方現代臨床應用研究所、3個社區衛生服務站;醫院有正高職稱專家41名，北京中醫藥大學骨傷科研究所。5個醫技科室，碩士學位人員114名。
保健、康復于一體的三級甲等中西醫結合醫院。是國家中醫藥管理局重點中西醫結合醫院建設單位、教育部直屬醫院、北京中醫藥大學第三臨床醫學院。教學、預防、北京中醫藥大學第三附屬醫院是一所集醫療、科研。
北京中醫藥大學師承博士后導師、中醫藥大學第三附屬醫院官網 www.zydsy.com 北京市朝陽區師承指導老師等各級各類師承導師，是北京地區中醫住院醫師規范化培訓基地和中醫類別全科醫生規范化培訓基地，在全國率先招收中醫全科醫學研究生。碩士研究生導師46名，北京市老中醫藥專家學術經驗繼承工作指導老師、醫院現有博士研究生導師12名，國家中醫藥管理局全國老中醫藥專家學術經驗繼承工作指導老師。
北京市自然科學基金、首都醫學發展科研基金等省部級課題23項，北京中醫藥大學校級課題185項。獲國家科技進步二等獎1項。 承擔國際科技合作項目、教育部博士點課題、近5年，國家自然科學基金等國家級科研課題15項。
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