2個公共支撐單位和2個其他單位。10個國家工程實驗室，104個中國科學院重點實驗室。13個國家工程（技術）研究中心，北京分院系統現有40個研究機構，分院系統擁有3個國家實驗室和47個國家重點實驗室。
其中專業技術人員2.1萬余人，截至2019年底，中國工程院院士11人。中國科學院院士117人， 包括高級專業技術人員10755人，北京分院系統共有在職職工2.4萬余人。
中國科學院北京分院是中國科學院機關的派出機構，天津、于2005年3月1日成立，山西的研究院所工作，負責各單位領導班子建設、科研成果轉移轉化（院地合作工作），中國科學院北京分院網站以及黨建、紀檢、監察、審計和相關事務管理工作，并協調院與北京市有關部門的對口聯系，承擔院委托的其他工作。負責聯系和管理中國科學院在北京。
北京分院機關設置8個部門：綜合辦公室、干部人事處、黨群辦公室、監督審計處、宣傳培訓處、資產財務處、行政后勤處。中國科學院北京分院官網 www.bjb.cas.cn 科技創新辦公室。
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