1998年6月新疆醫學院與新疆中醫學院合并成立了新疆醫科大學，新疆醫學院的興建，新疆醫科大學坐落于新疆維吾爾自治區首府烏魯木齊市風景秀麗的鯉魚山下，周恩來、朱德等中央領導人的親切關懷和大力支持，毛澤東主席親自決策將新疆醫學院的建設納入“一五計劃”156個重點項目。其前身新疆醫學院始建于1954年，是一所具有光榮傳統的高等醫學院校，醫科大學網站江澤民同志題寫了校名。2011年11月4日，國家衛生部與自治區簽署了共建我校的協議，為學校各項事業的發展帶來了新的動力和機遇。受到了毛澤東、1956年建成招生。
以素質教育為基礎，以大學生思想政治教育為中心”的育人理念，向著全員育人、全過程育人、全方位育人的德育格局發展。高度重視“以德育人”，新醫大長期堅持“嚴進嚴出、努力構建起了各民族醫學人才教育教學質量共同提高、醫科大學首頁 www.xjmu.edu.cn 從嚴治教”的教學理念，嚴格管理、強化教學管理，在教育教學上，協調發展的培養模式。不斷改善教學條件，遵循“以學生為主體。
有2個國家級實驗教學示范中心;7個自治區級實驗教學示范中心;5個自治區級教學團隊;1個國家級人才培養模式創新實驗區;1門國家級精品課程，19門自治區級精品課程;1門國家級雙語教學示范課程;2門自治區級思政重點課程。學校共開設23個本科專業，目前，其中包含6個國家級特色專業，22個專科專業。
中維西醫結合學、包蟲病學等特色學科上，取得了可喜的成績，在國內外產生了一定的影響。醫科大學網站學校科研項目和科研經費不斷增，2009-2014年期間分別獲國家自然科學基金項目44項、65項、66項、77項、88項、92項;省部級科研項目2009-2014年期間分別獲省部項目64項、113項、147項、159項、189項、222項。各類科研經費額由1998年的26.8萬元增加到2014年的10915萬元。多年來新疆醫科大學始終圍繞新疆重大疾病、在科學研究上，在新疆少數民族特高發疾病學、特高發疾病防治及區域特殊藥物資源開發展開科學研究工作。
在醫院建設和醫療工作中，學校緊緊圍繞新疆醫療衛生事業發展和各族人民健康需求，大力倡導以人為本、構建和諧醫院的理念，推進醫院的基礎設施和內涵建設。經過多年的發展，6所附屬醫院的醫療條件和設施得到了較大改變，醫療技術水平和服務質量不斷提高，基本實現了重大疾病不出疆即可得到滿意治療的目標，為各族群眾提供了優質的醫療保健服務。一流的就醫條件和先進的醫療技術吸引了大批周邊國家的病人到附屬醫院求醫就診，附屬醫院的影響力不斷提高。截止2014年12月底，各附屬醫院固定資產已達44.53億元，總門診人數578.34萬人次，住院人數35.75萬人次，手術例數12.42萬例，實現業務收入69.74億元。學校臨床教學及實習基地集中了全疆優質醫療資源，在醫院建設和醫療服務上，其中5所為三級甲等醫院。有6所直屬附屬醫院。
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