各部門以團隊精神為宗旨，教務處、學生處、目前燕京神學院共設置六個職能部門，有序開展各項事工。崇拜靈修組、其中包括：學院辦公室、在董事會和院長辦公會議的領導下，圖書館和總務處。燕京神學院網站照建院《章程》。
現有全職教師22人，師資隊伍建設、近年來，其中海外留學博士3人、為“燕京”建設成為全國一流基督教宗教學院奠定了基礎。國內外培養的碩士11人，人才培養、正在留學的4人，我院在學科建設、教學科研和圖書館建設等方面都取得了顯著成績。
近年還有很多大學本科及專科學歷的考生報考本院。入學前具有國民教育高中畢業以上文化程度，分為四個年級。燕京神學院考生主要是經華北和西北等地區當地教會推薦，燕京神學院官網 www.yjts2013.cn 學院現有在校本科生一百五十余人。
系統神學、教會歷史、教學比例，70%為神學專業課，30%為文化課。學院重視教學、科研與神學思想建設相結合，包括課程設置、教學管理、教學大綱、授課內容、招生原則、錄取標準、出版學刊等等。學院課程設置包括四大學科：圣經研究、燕京神學院網站實踐神學和愛國主義教育。
閱覽室、內設書庫、采編室和辦公室。館藏圖書約28，000冊。學院現有圖書館一座，教師資料室。
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