省委組織部、省科技廳等部門認定了山東省首批綜合院士工作站4個（山東鑫秋農業科技股份有限公司、山東省農業機械科學研究院、中國科學院青島生物能源與過程研究所、鑫秋種子海爾集團），公司是4 家之一。2014年10月，公司還與中國農業科學院植物保護研究所、農業部規劃設計研究院、中國棉花研究所、山東棉花研究中心、山東省棉技站、山東農業大學、河北農業大學等科研院所建立了長期合作關系。公司現有“山東省開放式植物組培工程技術研究中心”、“山東省鑫秋種業科技院士工作站”、鑫秋種子官網（www.sdxqny.com）“山東省企業技術中心”、“山東省植物細胞組織培養工程研究中心”、“山東省優質棉產業技術創新戰略聯盟”、“德州市鑫秋棉花研究所”等科技研發機構和平臺。
公司在山東省重大科技專項項目中組裝配套的“6—1式抗蟲雜交棉麥棉兩熟雙高產組裝技術”獲得山東省科技成果鑒定并從全國1771個項目中脫穎而出，2006年參與完成的2000萬畝國產轉基因抗蟲棉配套栽培技術研究及推廣應用項目獲農業部農牧漁業豐收一等獎。獲得科技部舉辦的首屆“中國農業科技創新創業大賽”優秀獎。公司先后承擔了國家轉基因生物新品種培育重大專項項目、科技部火炬計劃項目、科技部星火計劃項目、科技部農業科技成果轉化項目、科技部“渤海糧倉”科技示范工程項目、農業部棉花良種繁育及加工基地建設項目、山東省自主創新成果轉化重大專項項目、山東省科技發展計劃項目、山東省農業科技成果轉化資金項目、山東省發改委第一批戰略性新興產業重點項目等十多項國家和省部級項目。
8萬畝良種繁育基地，鑫秋種子官網公司現有13個良繁農場，公司全程使用國內國際先進加工設備，實現了種子加工全程機械化，年加工包衣棉種能力1000萬公斤。并率先采用了英國布勒公司種子色選機種子色選技術，這也是黃河流域唯一一臺在棉花種子上使用的進口色選機。試驗基地1200畝，50畝海南南繁試驗站。
