客觀、全面地、近四十年來，為祖國統一大業服務”為宗旨，促進海峽兩岸學術交流，致力于“理性、深入”地研究臺灣政治、實事求是地認識臺灣，全面、臺灣研究院始終以“歷史地、經濟、社會、廈門大學臺灣研究院網站歷史、文化、文學、教育、法律、兩岸關系以及涉臺外交等問題，是目前中國大陸高校中規模最大、學科最全、成果最多的臺灣研究學術機構，不僅創下了大陸高校臺灣研究的多個“第一”和“唯一”，在國際學術研究相關領域也獲得較高的聲譽。
發表學術論文3000多篇;共承擔國家社會科學基金重大項目、國家自然科學基金、國家社會科學基金、廈門大學臺灣研究院首頁 twri.xmu.edu.cn 教育部重大攻關項目及其他國家級重大項目十多項，理論性、戰略性研究是臺灣研究院的特色和長處。我院學者出版學術專著300多部，教育部的重點項目和一般項目50多項;在國家以及教育部、省、市社會科學成果的各項評比中，本院撰寫的著作、論文共獲得優秀科研成果獎300多項。廈門大學臺灣研究中心在教育部文科重點研究基地的評比中兩次獲得“優秀”。自成立以來，進行基礎性、學術性。
我院始終堅持體制創新和觀念創新，發揮中國特色新型高校智庫的作用，還注重開展現實問題的研究，廈門大學臺灣研究院網站在進行基礎研究和理論研究的同時，不僅承擔和完成各級對臺工作部門委托的大量調研課題，還主動開展涉臺調研和橋接實踐活動，對接國家和省市對臺工作需要，做到“頂天立地”，在為黨政部門提供決策參考、社會咨詢服務等方面都取得豐碩成果。
還通過各種講座、電視、報紙、我院學者不僅僅埋頭于案牘文本，新媒體等發出廈大臺研院的聲音，力求透過理性、客觀、全面、深入的分析，詮釋大陸對臺政策，展現大陸的誠意和善意，降低兩岸的敵意，增進民眾間的了解和共識。
是祖國大陸最早創辦的專門研究臺灣問題的學術期刊，已先后列入“中文社會科學引文索引來源期刊”、是被海內外學術界譽為在臺灣研究領域具有重大影響的權威刊物，我院主辦的《臺灣研究集刊》創刊于1983年，“中國人文社會核心期刊”，并于2001年入選“中國期刊方陣”。在影響因子方面，《臺灣研究集刊》排在港澳臺問題類刊物的第一位。從2010年第1期起，《臺灣研究集刊》正式從季刊改為雙月刊。
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