1996年4月由農業部部屬的石河子農學院、石河子醫學院、兵團師范專科學校和兵團經濟專科學校合并組建。石河子大學官網，學校前身誕生于1949年9月中國人民解放軍解放新疆的進軍途中。
學校2011年被評為“全國文明單位”。校園面積182萬平方米，有附屬醫院4個。校舍面積117萬平方米，學校擁有良好的教學、科研條件。實驗室面積15萬平方米，擁有設施完善的圖書館、體育館、游泳館、田徑館、標準體育場、會堂、石河子大學官網·首頁綜合教學樓等一批標志性建筑，綠化覆蓋率43％。
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