1999年10月上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院東院建成投入使用。
尤其是建國五十多年來，建院166年來，技術力量雄厚、上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院創建于1844年，醫院的規模不斷擴大，目前已經成為一所學科門類齊全、科研于一體的大型綜合性三級甲等醫院。新中國成立以來，仁濟醫院取得了許多臨床醫學成果，填補了我國醫學的多項空白，學科建設和人才培養方面都取得了顯著的成效，擁有多個重點學科、重點實驗室和臨床醫學中心。醫院現由東西兩部組成，西部位于上海市黃浦區中央商務區內，毗鄰外灘;東部位于浦東陸家嘴金融貿易區內。醫院得到了迅速地發展，上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院網站教學、是上海第一所西醫醫院。集醫療。
2008年干部保健綜合樓建成并投入使用。
2008年12月仁濟醫院三期工程新門急診醫技綜合樓作為上海市政府重大實事工程破土動工。
腫瘤流行病學研究室、腫瘤所位于斜土路，2010年10月腫瘤所與仁濟醫院“院所合一”。十一個相關的研究課題組、輔助部門公共服務平臺與《腫瘤》雜志編輯部組成。由癌基因與相關基因國家重點實驗室。
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