藥學院（中藥研究所）、基礎醫(yī)學部、外事辦公室、工程中心）、高等教育研究與質量管理辦公室（高教研究所）、校企（院）合作部3個教學科研機構。 公共基礎部（體育工作部）9個教學院部，公共衛(wèi)生與管理學院、學校設有臨床醫(yī)學院、護理學院、中醫(yī)學院、醫(yī)學技術學院、并單獨設置了科技處（圖書信息中心、三峽醫(yī)藥高等專科學校網(wǎng)站馬克思主義學院。
秉持“學則恒心，統(tǒng)籌城鄉(xiāng)、服務基層”的辦學定位，逐步形成了“學惟真、行惟實、醫(yī)惟仁”的校風、“引導向學之心，升華向善之志”的教風、“勤學、力行、誠信、擔當”的學風，努力把學校建設成為優(yōu)勢突出、三峽醫(yī)藥高等專科學校官網(wǎng) www.sxyyc.net 特色鮮明、國內知名的一流醫(yī)藥高等職業(yè)院校。歷經(jīng)近70年櫛風沐雨，輻射西部、學校坐落在萬川畢匯的三峽庫區(qū)腹心—重慶市萬州區(qū)，恪守“立足三峽、改革創(chuàng)新、堅守“質量立校、開放辦學”的辦學理念，醫(yī)則仁心”的校訓，特色強校。
2006年，2009年，學校管理體制由萬州區(qū)管理調整為重慶市教委管理，通過教育部高等職業(yè)院校人才培養(yǎng)工作合格評估。2010年，三峽醫(yī)藥高等專科學校網(wǎng)站學校被確定為重慶市市級示范性高等職業(yè)院校建設單位。2017年，學校成為重慶市優(yōu)質院校。2019年，學校通過教育部現(xiàn)代學徒制第二批試點單位驗收，被確定為國家優(yōu)質高等專科職業(yè)院校、中國特色高水平專業(yè)群建設單位。兩所中職院校合并升格設立重慶三峽醫(yī)藥高等專科學校。重慶市萬縣中醫(yī)藥學校創(chuàng)建于1974年。重慶市萬縣衛(wèi)生學校創(chuàng)建于1951年。
館藏圖書128萬冊，基礎設施建設穩(wěn)步推進，發(fā)展后勁不斷增強。學校有直屬附屬醫(yī)院3家，開放病床2000余張，非直屬附屬醫(yī)院9所，教學醫(yī)院11所。教學科研儀器設備總值保持年遞增10%以上，校舍38萬平方米，學校現(xiàn)有土地839畝。
重慶市教委主管的普通高等學校，是重慶市市級示范性高等職業(yè)院校，重慶市優(yōu)質高等職業(yè)院校，國家優(yōu)質專科高等職業(yè)院校，國家高水平專業(yè)群建設單位。是三峽庫區(qū)唯一獨立設置的全日制醫(yī)藥衛(wèi)生類高等院校，重慶市人民政府舉辦，重慶三峽醫(yī)藥高等專科學校是教育部批準。
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