藥學院（中藥研究所）、基礎醫學部、外事辦公室、工程中心）、高等教育研究與質量管理辦公室（高教研究所）、校企（院）合作部3個教學科研機構。 公共基礎部（體育工作部）9個教學院部，公共衛生與管理學院、學校設有臨床醫學院、護理學院、中醫學院、醫學技術學院、并單獨設置了科技處（圖書信息中心、三峽醫藥高等專科學校網站馬克思主義學院。
秉持“學則恒心，統籌城鄉、服務基層”的辦學定位，逐步形成了“學惟真、行惟實、醫惟仁”的校風、“引導向學之心，升華向善之志”的教風、“勤學、力行、誠信、擔當”的學風，努力把學校建設成為優勢突出、三峽醫藥高等專科學校官網 www.sxyyc.net 特色鮮明、國內知名的一流醫藥高等職業院校。歷經近70年櫛風沐雨，輻射西部、學校坐落在萬川畢匯的三峽庫區腹心—重慶市萬州區，恪守“立足三峽、改革創新、堅守“質量立校、開放辦學”的辦學理念，醫則仁心”的校訓，特色強校。
2006年，2009年，學校管理體制由萬州區管理調整為重慶市教委管理，通過教育部高等職業院校人才培養工作合格評估。2010年，三峽醫藥高等專科學校網站學校被確定為重慶市市級示范性高等職業院校建設單位。2017年，學校成為重慶市優質院校。2019年，學校通過教育部現代學徒制第二批試點單位驗收，被確定為國家優質高等專科職業院校、中國特色高水平專業群建設單位。兩所中職院校合并升格設立重慶三峽醫藥高等專科學校。重慶市萬縣中醫藥學校創建于1974年。重慶市萬縣衛生學校創建于1951年。
館藏圖書128萬冊，基礎設施建設穩步推進，發展后勁不斷增強。學校有直屬附屬醫院3家，開放病床2000余張，非直屬附屬醫院9所，教學醫院11所。教學科研儀器設備總值保持年遞增10%以上，校舍38萬平方米，學校現有土地839畝。
重慶市教委主管的普通高等學校，是重慶市市級示范性高等職業院校，重慶市優質高等職業院校，國家優質專科高等職業院校，國家高水平專業群建設單位。是三峽庫區唯一獨立設置的全日制醫藥衛生類高等院校，重慶市人民政府舉辦，重慶三峽醫藥高等專科學校是教育部批準。
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