南通大學研究生院官網，南通大學研究生院網站提供招生、培養、思政、學位、學科建設、就業指導、答辯公告等信息及研究生教育教學管理系統、研究生學位論文評審系統、本科生推薦免試申請系統、同等學力課程學習報名系統等信息平臺。負責學校研究生招生、教育、管理工作。
22個一級學科碩士點，10個碩士專業學位點，南通大學擁有基礎醫學、南通大學研究生院官網臨床醫學、信息與通信工程3個一級學科博士點，現有研究生2700余人。
