監察室、信息技術科、歸集管理科、承擔著全市行政區域內住房公積金管理運作的職能。行政服務處、資金運作科、政策法規科、客戶服務中心，以及崇川區辦事處、南通住房公積金網開發區辦事處、政務中心辦事處、通州灣辦事處和通州、海安、如皋、如東、海門、啟東十個經辦網點。 中心內設綜合科、財務審計科、會計核算科、南通住房公積金網為市政府直屬副處級事業單位。
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