交警支隊內設20個職能科(室、隊)：
法規、廉潔勤政教育;負責監察黨章、黨紀和政策法規的執行情況。(三)督察科 負責對全市交警系統執行有關政策、規章情況和重要工作進行督察;負責紀律檢查工作。
國有資產管理;負責支隊基本建設、房地產的維修管理;負責醫療衛生工作。(四)后勤裝備科 負責組織分配裝備物資;負責支隊后勤保障。
檢查、負責支隊財務管理工作;負責交警經費基本建設資金籌集、指導;負責制定并組織實施財務收支計劃，(五)財務科 負責對全市公安交警經費財務活動進行內部監督、賬務處理，南通市公安局交通警察支隊互聯網交通安全服務管理平臺網站負責組織政府采購項目的招投標及預決算的審計;負責日常的財務檔案及本科文書檔案的管理工作。
執法質量考核評議工作;指導和承辦交警系統行政應訴案件;負責承辦支隊其他訴訟或非訴訟法律事務;負責直屬各大隊刑事案件、行政拘留案件的審核;負責全市交警各項法制教育培訓及業務工作指導。(六)法制科 負責組織實施全市公安交警系統內部執法監督。
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