有本科專業80個（其中國家級特色專業18個），形成了文理并重、基礎寬厚、突出應用與創新的辦學特色。南開大學學科門類覆蓋文、史、哲、經、管、法、理、工、農、醫、教、藝等。有專業學院22個，在長期的辦學過程中，南開大學官網（www.nankai.edu.cn）并設有研究生院、繼續教育學院、現代遠程教育學院，南開大學是國內學科門類齊全的綜合性、研究型大學之一。碩士點231個，博士點172個，博士學位授權一級學科29個，博士后科研流動站28個。有一級學科國家重點學科6個（覆蓋35個二級學科），二級學科國家重點學科9個，國家重點（培育）學科2個，一級學科天津市重點學科27個。有國家級重點實驗室2個，國家工程研究中心1個，教育部重點實驗室8個，南開大學官網科技部重點實驗室1個，國家環保總局重點實驗室1個，教育部工程中心3個，天津市重點實驗室13個，天津市工程中心1個，國家基礎學科人才培養和科學研究基地9個，大學生文化素質教育基地1個，國家外專局“111”創新引智基地5個，基金委創新群體4個，教育部創新團隊（2013年度）3個，全國高校人文社會科學重點研究基地7個，“985工程”哲學社會科學創新基地7個，“985工程”科技創新平臺4個。學校積極構建和發展適應21世紀經濟社會發展和人才培養需要的學科體系。
開辦“創業班”，建設“青年創新創業實踐基地”，打造創業服務和項目預孵化的實體平臺。制定實施《南開大學素質教育實施綱要（2011—2015）》，出臺《本科生素質發展輔學指導意見》，建立“立公增能”學生素質發展輔學支持體系，全面構建南開特色的“公能”素質教育體系，促進學生全面發展。以“注重素質、培養能力、強化基礎、拓寬專業、嚴格管理、保證質量”為教學指導思想，把“課堂教學—校園文化—社會實踐”的有機結合作為育人的基本環節，推進創新創業教育，珍視“文以治國、理以強國、商以富國”的辦學理念，塑造學生健全人格、高尚品德、創新精神和實踐能力。實行彈性學制、學分制、主輔修制、雙學位制。以杰出校友周恩來為楷模，南開大學不斷強化學生全面素質和創新能力的培養。
現有全日制中國在校學生24525人，南開大學具備培養學士、碩士、博士和博士后的完整教育體系。博士研究生3296人。有成人教育學生2786人，遠程教育學生43037人。其中本科生13067人，碩士研究生8162人。
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