后隸屬華東行政委員會(huì)文化部；1954年起，南京博物院國(guó)民政府創(chuàng)建國(guó)立中央博物院籌備處，1950年3月更名為國(guó)立南京博物院，蔡元培先生親任第一屆理事會(huì)理事長(zhǎng)，在我國(guó)近代民主革命家、教育家蔡元培先生的倡議下，李濟(jì)、杭立武等先后接管籌備處工作。1933年，改屬江蘇省文化局領(lǐng)導(dǎo)；1959年，南京博物院、江蘇省博物館、江蘇省文物管理委員會(huì)合署辦公，仍名南京博物院。初屬文化部文物事業(yè)管理局。
東漢“廣陵王璽”、“錯(cuò)銀銅牛燈”、“鎏金鑲嵌神獸銅硯盒”，西晉“青瓷神獸尊”，南京博物院官網(wǎng)（www.njmuseum.com）南朝“竹林七賢與榮啟期”模印磚畫(huà)，明代“釉里紅歲寒三友紋梅瓶”等為國(guó)寶級(jí)文物。此外，“揚(yáng)州八怪”、“吳門(mén)畫(huà)派”、“金陵畫(huà)派”、傅抱石、陳之佛等大家的書(shū)畫(huà)藏品成組成系，別具特色。每一品種又自成歷史系列，其中，西漢“金獸”，青銅、玉石、陶瓷、金銀器皿、南京博物院官網(wǎng)竹木牙角、漆器、絲織刺繡、書(shū)畫(huà)、印璽、碑刻造像等文物品類一應(yīng)俱有，戰(zhàn)國(guó)“錯(cuò)金銀重烙銅壺”、“郢爰”，成為數(shù)千年中華文明歷史發(fā)展最為直接的見(jiàn)證。新石器時(shí)代“玉串飾”，南京博物院現(xiàn)擁有各類藏品42萬(wàn)余件（套）。
1936年動(dòng)工，籌備處原擬建人文、工藝、自然三館，修改為仿遼代大殿建筑。1937年因抗戰(zhàn)爆發(fā)而停建，至50年代初僅建成人文館。1999年在大殿西側(cè)新建的藝術(shù)館則延續(xù)了原有建筑形式。由當(dāng)時(shí)著名的建筑師徐敬直設(shè)計(jì)，后在梁思成、劉敦楨先生指導(dǎo)下。
