直屬于南京市人民政府，南京市住房公積金管理中心是根據國務院《住房公積金管理條例》和江蘇省政府辦公廳《關于南京住房公積金管理機構調整實施方案的函》、不以營利為目的的正局級事業單位。南京市機構編制委員會《關于建立南京市住房公積金管理中心的通知》設立。
開拓進取，可持續發展，協調、不斷推進全市公積金制度和住房保障事業全面、自2003年7月成立以來，扎實踐行“以人為本、服務大局，連續多年超額完成市政府下達的各項目標任務，不斷擴大住房公積金制度覆蓋面，南京住房公積金管理中心網站強有力地支持了全市職工改善住房條件。截至2011年12月30日，全市累計歸集住房公積金638.77億元，發放貸款464.41億元，支持26.21萬戶家庭住房消費，向市政府上交7.35億元廉租房建設資金，保障5000多戶低收入住房困難家庭，為全市推進 “住有所居”目標實現，以及率先基本實現現代化和建設現代化國際性人綠都做出了重要貢獻。南京市住房公積金管理中心二樓設置了公積金服務大廳，工行、農行、中行、南京住房公積金管理中心官網 gjj.nanjing.gov.cn 建行、交行、中信、南京銀行、浦發、招商、興業、光大、華夏、民生、深發展、江蘇銀行、廣發、紫金農商銀行等17家銀行及公證、抵押、南京住房公積金管理中心網站擔保公司等單位在服務大廳設立了業務辦理點，使群眾進入大廳就可以辦完所有公積金業務，服務條件大為改善，讓群眾得到更為高效、便捷的服務。 執政為民”宗旨，南京住房公積金管理中心是負責南京地區住房公積金管理運作的職能部門。中心堅持以科學發展觀為統領。
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