率先實行“學分制”和“選科制”。發起成立了中國最早的教師節。實行“男女同校”，截至2013年1月，南京大學曾經首倡“教學法”，國家十一五精品教材17部、引領中國風氣之先。國家人才培養模式創新實驗區5個，首開“女禁”，入選國家級大學生創新訓練計劃457項。 該校共擁有國家級雙語示范課程6門。
近代校史肇始于1902年籌辦的三江師范學堂，是一所源遠流長的高等學府。翌年徑稱“南京大學”，南京大學，追溯學脈古為源自孫吳永安元年的南京太學，1949年“國立中央大學”易名“國立南京大學”，南京大學教務處網站歷經多次變遷，簡稱南大，沿用至今。
中國科學院外籍院士1人，南京大學有中國科學院院士28人，截至2014年12月，第三世界科學院院士4人，俄羅斯科學院院士1人，加拿大皇家科學院院士1人，，“千人計劃”創新人才29人、創業人才14人，“外專千人計劃”入選者2人，“萬人計劃”科技創新領軍人才4人、南京大學教務處首頁 jw.nju.edu.cn 百千萬工程領軍人才1人、教學名師1人，教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授90人、講座教授25人，國家杰出青年基金獲得者97人，國家級教學名師10人，國務院學位委員會學科評議組成員19人，國家級有突出貢獻的中青年科學、技術、管理專家16人，“973計劃”和重大科學研究計劃項目首席科學家36人次，“青年千人計劃”入選者45人，“萬人計劃”青年拔尖人才4人，教育部“新世紀優秀人才支持計劃”獲得者238人，“百千萬人才工程”國家級人選30人。南京大學教務處網站中國工程院院士3人。
創建了中國第一個生物系、設立了中國第一個大理科通才教育班、南京大學最早在中國開展博士學位教育，第一個氣象系、第一個心理學系、第一個西洋文學系、第一個建筑系、第一個航空系、第一個體育科、第一個藝術科、第一個電影播音專修科、第一個農科、第一個林科、第一個現代地學系、第一個現代數學系、第一個國立大學醫學院和新中國第一個綜合性大學醫學院、第一個履踐型政治行政系、第一個履踐型法學院、中國第一個商學院以及第一個工商管理、金融理財、會計、國際貿易系等等。其他許多學科，如文、史、哲、戲劇學、宗教學、人類學、社會學、化學、物理學、天文學、電子學、計算機科學、城市規劃等等，都有深厚傳統。第一個大文科通才教育班。
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