境內有海拔1576米～1820米，海拔從1820米的高天山至450米的黃河畔，吉縣三面環山，可分為基巖山區、黃土丘陵區、殘垣溝壑區等幾種地貌。長8～18公里的五座大山橫穿東部和中部，地形復雜，縣境內山巒起伏、東高西低，溝壑縱橫、一面濱水，吉縣政府網高差大。
已探明儲量10億多噸。至2012年，煤炭分布面積238平方公里，吉縣煤炭資源豐富。
爬行類5種，吉縣境內的陸棲動物有50余種。哺乳類11種，其中鳥類25種，兩棲類2種，大型動物有狼、豹、野豬、野羊等。
49科;有草本植物180種，吉縣的植物資源比較豐富，吉縣政府網官網 www.zgjx.gov.cn 有木本植物194種，至2010年，44科;有中草藥141種。吉縣的樹種以油松、落葉松、刺槐、黃柏、楊樹為主。經濟林以木本糧油為主，有蘋果、核桃、紅棗等。
較歷年平均值偏多100.1毫米。吉縣水資源量6130萬立方米，年降水量596.3毫米，其中地下水2880萬立方米。吉縣政府網年總用水量389.9萬立方米，比2012年增長2%。其中：生活用水178.2萬立方米，比2012年增長2%;生產用水211.7萬立方米，比2012年增長3%，其中工業用水43.6萬立方米，農業用水150萬立方米。
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