公司設有行政管理部、人力資源部（黨辦）、事業發展部、財務資金部、公司工會、審計部等職能部門；公司擁有自主研發機構--北方農作物優良品種開發中心，依托吉林省農科院技術力量開展研發工作；質量檢控中心是吉林省較早通過實驗室質量體系認證；公司自建面積3500平方米的以玉米、水稻、大豆、高粱種子及農藥、肥料等產品的批發零售市場---“吉農高新農民科技服務中心”，被農業部確定為農業生產資料定點市場；同時成立8個分子公司具體進行經營運作。
建立了穩定規范的良種繁育基地，擁有一批高素質的專業生產技術人員，全過程采用ISO9001—2000質量管理體系進行管理與控制，在實踐中探索出獨具特色的高效生產基地管理模式。吉農高新肥料，作為以種業為主營業務的公司，玉米、水稻等種業規模在東北三省名列前茅。玉米、水稻種業建有標準化庫房共計2萬多平方米，種子曬場6萬多平方米。在東三省及內蒙、陜西、山西、河北、新疆等春玉米區擁有穩定的客戶群和營銷渠道。建成大型成套種子加工生產線，玉米種子年加工能力5萬噸，水稻種子年加工能力2.5萬噸。
2016年6月，吉農高新種子，按照吉林省國企改革領導小組有關精神，公司直接劃歸吉林省國資委管理，按照“一變全不變”的原則，仍由吉林省農科院代表省國資委行使出資人職責。吉林吉農高新技術發展股份有限公司成立于1999年4月，2012年9月，吉林省政府批復公司為省屬企業，吉林省農科院為國有資產出資人。
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