南京海納擁有位于新模范馬路、江浦和中山科技園3處研發中心，研發面積約5000平方米，總投資超過2億元，擁有完整的藥品研究開發設備儀器及管理體系。設立了項目管理部、質控與設備部、合成研究室、分析研究室、制劑研究室、臨床研究部、醫學部、藥理部、生物分析測試平臺等一整套研發部門，并設有政府事務部、法務部、財務部、采購中心、行政部、人事部、市場部等職能與支撐部門，體系清晰，功能完備。目前擁有一支130余人專業的研發團隊。
其中，固體制劑片劑和凍干粉針劑車間分別于2015年6月、9月通過了GMP認證。南京海納制藥有限公司成立于2013年，為南京海納醫藥科技股份有限公司的全資子公司，占地面積70畝，建筑面積27000平方米，具有現代化水平的固體制劑車間、凍干粉針劑車間、凝膠劑與軟膏劑車間及高附加值原料藥車間。
海納制藥積極參與MAH制度，作為受托生產企業，借助母公司的醫藥研發能力和海納制藥生產設備和管理水平，為持有人提供藥品開發生產服務。海納制藥主要聚焦于胃腸道藥物、中樞神經藥物及外用藥領域，依托母公司的技術創新及產品研發能力，具有多個具有良好市場潛力的管線品種。
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