昂然踏入千禧年，國泰于2000年錄得港幣50億豐厚的溢利，但在往后數年卻遇上美國911事件、第二次海灣戰爭及沙士疫潮等嚴峻的挑戰。同時國泰航空亦透過每天來往倫敦、洛杉磯、紐約、悉尼頻密的班次，及增強于其他主要長途及區內航點的服務，加強了香港與其他環球樞紐的聯系。盡管面對艱難的經營環境，國泰航空公司，國泰積極于美國911事件后展開「國泰航空萬張機票贈全城」大型香港旅游業推廣活動，另外亦舉辦了「同心為香港」全民運動，以協助重振受沙士嚴重沖擊的香港經濟。國泰總部國泰城在1999年中于香港國際機場落成，這項龐大的計劃標志著國泰對香港的前途充滿無比信心，帶領業務邁向新紀元。
隨后國泰航空集團立即著手整合國泰及港龍的航空網絡，加強香港航空樞紐的聯系能力。港龍航空自整合后透過國泰龐大的國際航空網絡增強其服務，國泰，開設共八個新航點，為旅客提供更多選擇之余，亦加強鞏固香港作為航空樞紐的地位。在公司六十周年的同一年即2006年，在9月28日國泰航空簽署協議，與中國國際航空建立更緊密的伙伴關系，彼此持有對方17.5%的股份，同時納入港龍為國泰航空集團轄下全資附屬公司，結合國泰的國際航空網絡及港龍覆蓋20多個城市的內地網絡，大大發揮協同效益。
初期他們均以上海為發展基地，后來決定遷往香港，并成立航空公司。成立初期，國泰開辦往返馬尼拉、曼谷、新加坡及上海的客運及貨運航班，業務發展十分理想。于John Kidston Swire的領導下，國泰航空公司，Butterfield&Swire隨即全權負責國泰的營運。期后10年間，隨著國泰引進頭等客位及經濟客位，機隊不斷擴展，而且服務日益完善。國泰航空由美國籍的Roy C Farrell及澳洲籍的Sydney H de Kantzow于1946年9月24日創辦。1948年香港主要的商行之一的Butterfield&Swire（即太古集團前身），收購了國泰的四成半股權。
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