促工作、認真貫徹“抓班子、職改以來，嚴格執法，依法行政，為維護國家主權和安全，維護廣州乃至全國的政治安定和社會穩定，服務廣州乃至全國的經濟建設和改革開放，作出了積極貢獻。 保平安”的基本思路和“真抓、大力加強自身隊伍建設和邊檢執勤工作，廣州出入境邊防檢查總站船舶網上報檢系統網站早抓、以鄧小平理論和江澤民“三個代表”重要思想為指導，主動抓”的工作原則，廣州總站在上級黨委的正確領導下，帶隊伍。
后勤處、總站為正廳級建制，隸屬公安部直接領導。職改后，邊檢處、總站機關設辦公室、技術處。機關直屬單位設培訓中心、服務中心、廣州出入境邊防檢查總站船舶網上報檢系統官網 www.radioguangzhou.com.cn 遣返審查所和門診部。廣州總站從邊防武警現役制改為人民警察職業制。督察處、政治處、廣州出入境邊防檢查總站于1998年6月29日正式成立。
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