求實、以就業為導向，在發展的歷史進程中，秉承船政學堂“求是、面向全國，自強、堅持德育為先、立足海西，創新”的辦學精神，學校堅持以服務為宗旨、能力為重的育人思想;堅持廠校一體、工學結合的“做中教、福建船政交通職業學院網站做中學”的教學理念;堅持科技和人文相結合，培養愛國情操的教育目標;堅持針對性和實用性強的專業設置與課程體系的辦學精髓，形成了“以工為主、依托行業、產學結合、厚德強技”的辦學特色，培養了數以萬計的具有良好的職業道德、熟練的專業技能和可持續發展能力的，能夠滿足生產、建設、服務、管理第一線需求的高素質技術技能專門人才。學校的綜合辦學水平在福建省高職院校名列前茅，福建船政交通職業學院官網 www.fjcpc.edu.cn 引領著福建省高職教育的發展。
教材編寫、技術支持、師資提高、過程培養、大力推行校企合作、先后與國內外402家企業開展合作辦學，雙方在課程建設、資金投入等多方面開展深度合作。現已合作開發課程72門、教材58種。學校推行多樣化訂單培養模式，實行“入學即就業，招生即招工”，為畢業生就業奠定基礎。與豐田汽車、福建船政交通職業學院網站東風雪鐵龍、蘇寧電器、沃爾沃建筑設備等20多家公司長期合作，分別舉辦了“豐田T—TEP學校”、“雪鐵龍班”、“蘇寧班”、“沃爾沃班”等，實行“訂單式”人才培養。同時，實施“定向”人才培養，與福建煤監局合作培養礦山地質、礦山機電、煤礦開采技術等專業的煤礦緊缺人才。還與中國太平洋人壽保險福建分公司、中國鋁業集團瑞閩鋁板帶有限公司、福建省路橋總公司、福建省交通控股公司、福建省輪船總公司、盛輝物流集團公司、麥德龍、沃爾瑪等大型企業合作，全面實施“工學結合”人才培養模式。在省教育廳的領導與支持下，以我校為龍頭院校，與多家省內主要汽車、物流企業和高職院校成功聯合組建了福建省汽車職業教育集團、福建省交通物流職業教育集團，使學校的校企合作實現了深度融合。共育高素質技術技能人才，學校積極依托行業企業，工學結合。
學校積極探索人才培養模式改革，在我省2012-2013年首輪高職院校專業建設質量評估中，已取得顯著的人才培養成效。在教學工作過程中，我院交通運輸類和汽車類等18個專業排名全省第一，進入前3名的有29個;新增安全技術管理等10個專業被評為省級示范專業。
共獲各類省級以上教學團隊、示范性專業等質量工程建設項目149項：其中國家級項目28項，精品課程、目前，包括教育部高職高專教育專業教學改革試點建設項目1個、中央財政支持高等職業學校提升專業服務能力項目2項、國家示范性專業建設6個、國家級教學團隊2個、國家級精品課程1門、中央財政支持的職業教育實訓基地1個、國家第六、七屆教學成果獎二等獎各1個、教育部教學資源庫建設項目1項(全國共50項)、國家“十二五”規劃教材11部;省級項目121項，省級精品課程31門、省級示范專業10個(8個省級精品專業)，省級教學團隊8個、省級教學名師12名、福建省高職教育教學改革綜合試驗項目4項、福建省教育體制改革試點立項項目9項、福建省高等職業院校專業帶頭人培養計劃10名、省級教學成果獎9項、省級財政支持實訓基地建設項目和省級生產性實訓基地建設項目5個，省級實踐教學與人才培養模式改革8項，省級教材建設7項。
有國家級科研項目9項，企業技術開發項目12項，省級教科研項目60余項，學校還高度重視科技開發與社會服務，省級以上科研成果獎勵15項，獲國家專利20項，受理并已公開的發明專利3項，獲外部科研經費資助800余萬元，均居全省同類院校之首。
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